NTU Galaxy 相關說明

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ftp上傳
  參考:弘瞱Medium

跑工具(以FastQC為例)


Job 狀態


下載資料

右側欄History的磁碟圖示

注意事項

像 Bwa, bowtie 等等 read-mapping 工具,可以使用 built-in 的 reference index, 但是實際跑會 error 因為我們沒有下載該檔案,請通知我們
 

資源

PBS 共 27 個 node ,每個 node 有 20-24 CPU 跟 128 GB RAM

目前 Galaxy 的 Package 的安裝與測試狀態

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1APjFZYs30Vh9jEvyhq8Phnlw217jpkPimSlqUFRNuR8/edit#gid=0

參考官方教學

https://training.galaxyproject.org/training-material/

申請連結

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScbK4zqPezYqW0L2s3_taYlk4oU9Kvb_AI4aIrAQJaNrkrdVA/viewform?usp=sf_link

Galaxy 連結

https://galaxy2.cc.ntu.edu.tw

問題回報

NTU c4Lab

  • 楊文策 d06631002@ntu.edu.tw

  • 林弘曄 r08631020@ntu.edu.tw

如果是有 error 的部分,可以按 Dataset Error Report,我們的信箱就能收到相關的訊息,對 debug 有幫助